以下文章来源于青椒医学 ，作者青椒哥
粉丝问：我有个B蛋白调控C通路，已经做了显著的功能结果，该如何选择上游调控分子A呢？
这一A-B调控轴的寻找对于下一步实验，以及国自然科学假说的搭建至关重要，那么我们来进行详细的逻辑阐述，一共分为3步：
（一）第一步：分子B表达差异的调控层次确定
（二）第二步：分子B的具体调控机制（mechanism）的确定
（三）第三步：基因B机制调控的工具分子A（molecule）的确定
上次我们讲了第二步：2步/3步：国自然科学假说的分子调控轴，该如何确定？，我们今天来讲第三步
第三步：基因B机制调控的工具分子A（molecule）的确定
由于第二步2步/3步：国自然科学假说的分子调控轴，该如何确定？的时候，已经知道了调控机制，因此对于上游分子A的筛选范围已经非常明朗。
(1)首先，可以基于DNA序列、RNA序列或者蛋白质序列等，进行数据库预测上游靶分子。
转录因子预测：TRANSFAC 数据库（http://gene-regulation.com/ ）、JASPAR 数据库（http://jaspar.genereg.net/ cgi-bin/jaspar_db.pl）、TFdb 数据库（http://genome. gsc.riken.jp/TFdb/）、TRRD 数据-http://wwwmgs.bionet.nsc. ru/mgs/gnw/trrd/、TRED 数据库-http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process= home、PAZA 数据库（http://www. pazar.info）、EPD 数据库-http://www.epd.isb-sib.ch/、MAPPER 数据库-http://bio.chip.org/mapper
DNA甲基化预测数据库：DiseaseMeth、MethyCancer、MethSurv、SurvivalMeth、Pubmeth、MethBank、iMETHYL、EWAS Data Hub：DNA甲基化芯片数据库。
组蛋白修饰数据库：ChromatinDB，Histone Database，SysPTM HistoneHits，HHMD：人类组蛋白修饰数据库。
蛋白修饰查询数据库：qPTM（http://qptm.omicsbio.info/）磷酸化、乙酰化、泛素化、糖基化、甲基化、SUMOylation、丁酰化、琥珀酰化、巴豆酰化和羟基异丁基化，还有其他数据库CPLM，dbPAF，dbPPT，phosSNP，PhosphositePlus，Phospho.ELM，dbPTM，PHOSIDA，BioGRID，HPRD，UniProt，O-GlycBase，PhosphoBase以及mUbiSiDa等。
泛素化修饰数据库：iUUCD数据库、Ubibrowser。
RNA甲基化数据库：
数据库
介绍
物种
m6A2Target
m6A修饰相关的 writers/erasers/readers
Human/Mouse
m6A-Atlas
多种修饰类型、修饰位点、RBP (RNA-binding protein)
Human/Mouse/Rat/Zebrafis miRNA调控、功能價病、转录因 /Fly/Arabidopsis/Yeast 子、物种间保守性
RMVar
多种修饰类型、 IncRNA/circRNA/miRNA 甲基化关联的SNP/SNV. RBP、功能疾病
Human/Mouse
RMBase
多种甲基化类型、SNP/SNV. RBP、miRNA修饰
Human/Mouse/Rhesus/Chi mpanzee/Rattus/Pig/Zebrafi sh/A.thaliana/erevisiae/ly/P. aeruginosa/E.coli/S.pombe
(2)其次，再根据测序数据（转录组、蛋白组、单细胞测序），寻找相关功能蛋白分子集，和目标基因表达相关性有关的潜力分子A
例如泛素化、DNA甲基化等机制是负性调控，那么你要在测序数据中分析E3泛素连接酶家族、DNA甲基转移酶中和B蛋白具有显著相反相关性的分子A，大概长这样吧。以此类推。
AB负相关
而转录激活、磷酸化修饰等如果是正向调控的话，那就可以筛选功能分子中和目标基因B之间表达呈现正相关的分子A，大概长这样。以此类推。
AB正相关
(3)最后嘛，上述两步筛选出来的目标分子A，就要进行表达水平检测，功能实验验证了，从而证明A能直接调控B的表达和后续功能。
转自：“学术查”微信公众号
如有侵权，请联系本站删除！
