2步/3步:国自然科学假说的分子调控轴,该如何确定?
2022/11/17 14:48:18 阅读:323 发布者:
以下文章来源于青椒医学 ,作者青椒哥
粉丝问:我有个B蛋白调控C通路,已经做了显著的功能结果,该如何选择上游调控分子A呢?
这一A-B调控轴的寻找对于下一步实验,以及国自然科学假说的搭建至关重要,那么我们来进行详细的逻辑阐述,一共分为3步:
(一)第一步:分子B表达差异的调控层次确定
(二)第二步:分子B的具体调控机制(mechanism)的确定
(三)第三步:基因B机制调控的工具分子A(molecule)的确定
上次我们讲了第一步:分子B表达差异的调控层次确定,我们今天来讲第二步
第二步:分子B的具体调控机制(mechanism)的确定
这里的调控机制,可以这么来思考,蛋白B的功能异常一定和表达丰度有关吗?是否和亚细胞分布有关?是否和某个氨基酸残基的修饰有关?因此需要把问题又分为以下几类:
1.B的上调或者下调,是怎么引起的?
2.B的入核或者出核(亚细胞分布改变),是怎么引起的?
3.B的蛋白翻译后修饰是哪种类型?
所以,我们有必要把科学问题提升到“分子B的具体调控机制(mechanism)”的高度。
既然大家一般遇到的问题是“上调的B,或者下调的B”,那么我们就来探讨下,什么样的机制能引起B的上下调,青椒团队用表格的的形式为您总结了一下,可能的机制情况。
| 上调机制 | 下调机制 |
染色质重塑 | 乙酰化、巴豆酰化、乳酸化、甲基化、磷酸化、泛素化 | 甲基化、磷酸化、泛素化 |
转录 | 去甲基化、转录因子、增强子 | 甲基化、遏制因子 |
可变剪接 | 可变剪接因子ABC | 可变剪接因子XYZ |
mRNA出核 | m5C修饰 | -- |
mRNA稳定性 | miRNA、m6A | miRNA、m6A |
蛋白翻译 | 翻译起始因子、m6A、m5C | 翻译抑制因子 |
翻译后修饰 | SUMO化、磷酸化、精氨酸甲基化、糖基化 | 泛素化、精氨酸甲基化、糖基化 |
咱们从上期第一期“第一步:分子B表达差异的调控层次确定”确定了调控层次后,就可以根据“上调、下调”“活性上升、下降”等趋势,来选择相应的调控机制,一个一个实验一下,结合数据库预测啦,生信分析一下,或者做个RNA-pulldown、CO-IP做下质谱测序等,寻找潜在的调控机制。
然后下期讲一讲:
第三步:基因B机制调控的工具分子A(molecule)的确定
转自:“学术查”微信公众号
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