投稿问答最小化  关闭

万维书刊APP下载

2步/3步:国自然科学假说的分子调控轴,该如何确定?

2022/11/17 14:48:18  阅读:323 发布者:

以下文章来源于青椒医学 ,作者青椒哥

粉丝问:我有个B蛋白调控C通路,已经做了显著的功能结果,该如何选择上游调控分子A呢?

这一A-B调控轴的寻找对于下一步实验,以及国自然科学假说的搭建至关重要,那么我们来进行详细的逻辑阐述,一共分为3步:

(一)第一步:分子B表达差异的调控层次确定

(二)第二步:分子B的具体调控机制(mechanism)的确定

(三)第三步:基因B机制调控的工具分子Amolecule)的确定

上次我们讲了第一步:分子B表达差异的调控层次确定,我们今天来讲第二步

第二步:分子B的具体调控机制(mechanism)的确定

这里的调控机制,可以这么来思考,蛋白B的功能异常一定和表达丰度有关吗?是否和亚细胞分布有关?是否和某个氨基酸残基的修饰有关?因此需要把问题又分为以下几类:

1B的上调或者下调,是怎么引起的?

2B的入核或者出核(亚细胞分布改变),是怎么引起的?

3B的蛋白翻译后修饰是哪种类型?

所以,我们有必要把科学问题提升到“分子B的具体调控机制(mechanism”的高度。

既然大家一般遇到的问题是“上调的B,或者下调的B”,那么我们就来探讨下,什么样的机制能引起B的上下调,青椒团队用表格的的形式为您总结了一下,可能的机制情况。


上调机制

下调机制

染色质重塑

乙酰化、巴豆酰化、乳酸化、甲基化、磷酸化、泛素化

甲基化、磷酸化、泛素化

转录

去甲基化、转录因子、增强子

甲基化、遏制因子

可变剪接

可变剪接因子ABC

可变剪接因子XYZ

mRNA出核

m5C修饰

--

mRNA稳定性

miRNAm6A

miRNAm6A

蛋白翻译

翻译起始因子、m6Am5C

翻译抑制因子

翻译后修饰

SUMO化、磷酸化、精氨酸甲基化、糖基化

泛素化、精氨酸甲基化、糖基化

咱们从上期第一期“第一步:分子B表达差异的调控层次确定”确定了调控层次后,就可以根据“上调、下调”“活性上升、下降”等趋势,来选择相应的调控机制,一个一个实验一下,结合数据库预测啦,生信分析一下,或者做个RNA-pulldownCO-IP做下质谱测序等,寻找潜在的调控机制。

然后下期讲一讲:

第三步:基因B机制调控的工具分子Amolecule)的确定

转自:“学术查”微信公众号

如有侵权,请联系本站删除!


  • 万维QQ投稿交流群    招募志愿者

    版权所有 Copyright@2009-2015豫ICP证合字09037080号

     纯自助论文投稿平台    E-mail:eshukan@163.com