2022/4/22 10:01:41 阅读：476 发布者：chichi77
以下文章来源于i生信 ，作者橘子
今天我们主要解决3个问题，Q1：什么是乙酰化？Q2：乙酰化的机制研究现状如何？Q3：如何将乙酰化这一研究热点应用到生信分析中？
Q1：什么是乙酰化？
乙酰化是一种常见的蛋白质翻译后修饰，可以通过多种机制影响蛋白质功能，包括调节蛋白质稳定性、酶活性、亚细胞定位和与其他翻译后修饰的相互作用，以及控制蛋白质和蛋白质DNA的相互作用，进而参与染色质重塑，转录因子激活和代谢调控等几乎所有重要生物学过程。
Q2：乙酰化的机制研究现状如何？
乙酰化，作为国自然机制设计的常用热点，仅2020年中标基金数就在200+，常见的作用机制为：主角基因通过影响组蛋白乙酰化修饰进而影响疾病；主角基因本身乙酰化修饰进而影响疾病；主角基因上游调节因子发生了乙酰化修饰直接影响疾病；主角基因通过招募A基因调节B基因的去乙酰化修饰进而影响疾病等。
可以从乙酰化的角度去阐明发生发展机制的疾病更是五花八门，有肿瘤类疾病（涉及的研究角度有：肝癌细胞生长；前列腺癌神经内分泌化；口腔鳞癌增殖；乳腺癌发生发展；神经母细胞瘤侵袭转移；肾透明细胞癌发生；三阴性乳腺癌放疗抵抗；膀胱癌化疗耐药等），心血管类疾病（涉及的研究角度有：心脏损伤；巨噬细胞泡沫化调控动脉粥样硬化；压力过载性心肌重构等），代谢类疾病（涉及的研究角度有：糖尿病肾小管上皮细胞线粒体生物合成异常；丙戊酸致肝毒性机制等），炎症类疾病（涉及的研究角度有：变应性鼻炎发病的机制等），脑部疾病（涉及的研究角度有：脑卒中后神经发生；阿尔茨海默病小胶质细胞M2/M1极化表型平衡等）等。
Q3：如何将乙酰化这一研究热点应用到生信分析中？
橘子在pubmed上以“Acetylation AND 常见公共数据库”为关键词进行了检索，最后仅筛选到极少数生信相关文章（热点系列推文多次证明一个事实：同一科研热点，机制研究上的热度和生信文章上的热度，具有发展的不平衡性~），下面我们来看下都有哪些生信分析的思路吧。
思路一：乙酰化相关单基因思路
即将主角基因锁定为乙酰化相关基因，证明所选主角基因是肿瘤的驱动基因，可以作为预后标志物，提高文章的研究意义。这类文章，应多数审稿人要求，现在一般需要加基因功能实验来证明主角基因真的有研究意义。
思路二：乙酰化相关signature
这篇文章是比较经典的signature构建方式，即先基于无监督聚类方法识别不同的组蛋白乙酰化模式，其次基于不同模式间的差异表达基因构建了一个HAscore模型，来量化组蛋白乙酰化模式并探究HAscore与临床特征/疾病治疗响应的关系。
当然，除上述signature构建方式之外，我们还可以尝试直接用相关基因的基因集或者表达相关的lncRNA等构建乙酰化相关signature哦。
思路三：蛋白质组学联合乙酰化组学
这篇文章联合蛋白质组、乙酰化修饰组技术，全面分析了人肝癌、癌旁及正常肝组织中乙酰化改变，对乙酰化在肝癌发病中的作用进行了探究，揭示组蛋白乙酰化修饰可以用来预测乙型肝炎相关肝癌患者的预后。
除了上述已发表文章涉及到的分析思路外，乙酰化联合生信文章仍然大有可为，如乙酰化相关疾病分型思路（探究疾病异质性的经典思路），泛癌水平探究乙酰化基因的功能，乙酰化相关疾病诊断思路（探究是否会发病/非肿瘤疾病状态的经典思路），等等，更多火花，等你来碰撞~
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备注乙酰化
参考文献：
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Chai X, Guo J, Dong R, Yang X, Deng C, Wei C, Xu J, Han W, Lu J, Gao C, Gao D, Huang C, Ke A, Li S, Li H, Tian Y, Gu Z, Liu S, Liu H, Chen Q, Liu F, Zhou J, Fan J, Shi G, Wu F, Cai J. Quantitative acetylome analysis reveals histone modifications that may predict prognosis in hepatitis B-related hepatocellular carcinoma. Clin Transl Med. 2021 Mar;11(3):e313. doi: 10.1002/ctm2.313. PMID: 33783990; PMCID: PMC7939233.
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