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生信个性化分析、TCGA/GEO数据库挖掘分析等

2022/4/8 8:49:26  阅读:371 发布者:chichi77

为什么要做生信分析:

不需要任何实验就可以发 SCI,仅靠生物信息的相关筛选和统计分析便可发文,一般纯生信或补充点相关实验大多是发1-5SCI。如果抓住一个热点,可以发无数篇纯生信SCI,且生信SCI发的一直是researcharticle,能作为毕业/评职称的依据。

单组学/多组学高通量测序高级分析:基于已有的测序标准分析结果,添加个性化高级分析

TCGA/GEO等数据库挖掘高级分析:基于数据库做癌症靶标预测和通路功能筛等

生物信息学个性化定制分析:基于客户制定的分析思路或者参考文献进行生信分析

基础研究借助生信,从大数据角度总体筛选研究方向。可先通过生信打开分析局面,随后加以具体方向的具体实验的验证。此为:生信初筛+基础验证。

临床科研可以充分利用公开数据库,目前临床的数据库越来越多。如果同时与自己的临床数据整合起来分析价值会更大。生信结合临床,仍是未来发生信SCI的主流方式之一。

生信多组学联合分析(疾病是多步骤,非常复杂的)

生信分析内容:

1. 如果有目标基因,基于客户提供目标基因与疾病,进行生信分析,得到该基因与疾病的逻辑关联依据。提供SCI/课题申请前期研究基础的理论依据。

2. 如果没有靶标基因,基于高通量数据进行生信挖掘,获得结论,为客户筛选关键靶标基因与靶标通路。提供SCI/课题申请前期研究基础的理论依据。

数据来源:

(1)基于自己样本的测序数据、芯片数据或质谱数据等高通量数据进行生信高级挖掘;

(2) 基于公共数据库(TCGA, GEO, ICGC, CGGA, SRA等)的高通量数据进行生信高级挖掘;

研究方向包括:

非编码RNA_circRNAlncRNA相关

ceRNA相关

m6A RNA甲基化相关

单细胞相关

外泌体囊泡相关

多组学相关

铁死亡相关

自噬、焦亡、坏死相关

肠道菌群相关

癌症靶标相关

个性化数据分析包括:

1.单组学高通量高级分析(基于已有的标准分析结果,添加高级分析):

转录组学:lncRNAmiRNAmRNAcircRNA测序/芯片数据。

基因组学:全基因组测序、外显子测序/芯片数据。

表观组学:DNARNA甲基化测序/芯片数据。

蛋白组学:ITRAQ质谱数据。

代谢组学:GC-MS,LC-MS,NMR

宏基因组学:16s测序、宏全基因组测序数据。

2. 基于公共数据库的高级分析:

基于TCGA/GEO/SRA/EBI数据库做癌症靶标预测(miRNA,lncRNA, mRNA)和通路功能筛选。

多套数据整合分析.

3. 多组学整合分析(基于标准分析结果,添加高级分析):

全转录组整合分析;

转录组与蛋白组整合分析;

蛋白组与代谢组整合分析;

基因组与转录组整合分析;

表观组与转录组整合分析;

4. 个性化定制分析(想法帮你实现):

根据需求做图、做表;

基于参考文献思路进行生信分析;

基于客户制定的分析思路进行生信分析。

分析内容包括:

差异表达基因筛选;

无监督聚类的PCAHeatMap分析;

有监督聚类的OPLS-DA分析;

基因上下游调控预测(miRNATF);

VENN图分析;

蛋白与蛋白互作网络分析;

WGCNA模块分析;

基因相关性分析;

lncRNAcircRNA)与mRNA共表达分析及网络构建;

关键lncRNAcircRNA)或miRNA功能分析;

竞争内源RNAceRNA)预测;

多组样本不同时间(浓度)递增数据分析;

筛选关键基因(lncRNAcircRNAmRNA);

GSEA富集分析;

生存预后分析;

适用人群:

1. 课题比较明确,但是苦于数据挖掘比较艰辛,具备生信数据分析宏观思维和写作能力,但是因为时间等因素无法学习生信分析技能的医生。本服务可以大大加快生信文章发文速度。

2.需要快速发表SCI却找不到方法,想申请课题但缺乏前期文章积累,1-2篇生信文章可为国自然课题申请加分。

3. 基础研究中迟迟找不到课题方向且缺乏足够的经费支持,无法通过测序完成主变量筛选者,本服务可以作为后续湿实验的参考。

4.课题没有思路,需要个性化数据挖掘进行辅助的医生,科研工作者。用个性化服务打通科研服务的最后一公里。

5.有测序数据却无从下手。

服务内容:

1. 个性化完成文章选题思路(构思课题、选题思路,设计方案,分析计划,)

根据客户所提供研究的疾病,通过公共数据库平台进行数据分析,筛选出靶向分子以及其相互作用分子之间的调控关系,从而快速准确地获得该分子与特定生物学过程(例如生长发育、疾病发生等)的数据信息,深入解读生物学现象,全面、精准地为您的科研助力,真正做到实现针对不同学科、不同应用、不用需求的个性化定制要求。

2. 提供一站式数据分析服务(数据分析)

为您提供一站式数据可视化展示和生物学意义挖掘服务,通过高效数据分析提供准确、详细、专业的交互分析报告,包括统计分析思路整理、专业期刊级别的可视化结果展示、结果分析的合理解释等内容,帮助您跨越统计分析学习障碍,便于您及时安心撰写论文及投稿。

3. 指导写作为发表保驾护航(生信写作)

专业老师将结合自身丰富的医学SCI文章写作和发表经验,以点带线、以线带面地全面介绍医学SCI文章的成稿战略、投稿策略、修稿攻略和校稿谋略,还要略解文章出版后遇到的问题对策,包括如何纠错,撤稿等,全程为SCI文章写作提供指导意见,为SCI文章发表保驾护航。

4.   查重/润色/选刊投稿

服务流程:

可开具正规发票

我们的优势:

1 专业的技术团队:涵盖肿瘤学(外科、放疗科、肿瘤内科、影像科)、流行病学、统计学及计算机领域,主持及辅导多项国家级、省级课题。具有临床研究、生信研究、基础研究的视角和研究广度,科研嗅觉敏锐,肿瘤学临床知识扎实。

2 多样的分析方法:单组学/多组学高通量高级分析,基于公共数据库的高级分析, 个性化定制分析,几乎涵盖绝大部分的生信分析方法

3 体贴的辅导服务:在不违反学术道德的前提下,提供拼图、写作辅助指导、投稿期刊推荐和审稿意见回复的一条龙服务;跟着项目及教程习必备的SCI发表技能,成功迈出科研第一步

如有侵权,请联系本站删除!


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