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超好上手的高分生信文章复现!我不允许你还不知道!

2022/4/1 17:21:56  阅读:374 发布者:chichi77


前段时间,橘子解读了一篇发表在《Molecular Therapy》上探究乳腺癌异质性的文章,在这篇文章中,作者联合分析bulk水平数据及单细胞水平的数据,探究了乳腺癌在能量代谢上的异质性,将乳腺癌分为两个亚型(文献详解丨Bulk多组学联合单细胞转录组分析揭示了乳腺癌的代谢异质性)。崔哥在看完橘子划的重点“划重点:非自测!非自测!非自测!”之后,直呼高明,必须为这类非自测+仅配套简单实验的生信类+高分+有创新性+可复现的文章打call——复现它!!!

接下来请欣赏我们基于泛凋亡相关基因联合bulk数据和单细胞数据探究其他疾病异质性复现的部分结果示例:

1)基于泛凋亡分类器,可以将肿瘤分为两种亚型

2)对分类器的准确性进行验证

3)不同聚类分型的差异

4cluster1中关键基因鉴定

5)恶性细胞是导致异质性的关键

6)肿瘤微环境中恶性细胞和非恶性细胞的差异

7)肿瘤微环境中免疫细胞群间的差异

总结

上述结果仅是本次复现结果的冰山一角,在对整个复现工作进行复盘时,橘子不得不感慨,人家发高分必须是有原因的,纯粹从分析内容的角度看:首先,整体工作量比很大,需要进行尝试的地方较多;其次,生信分析果然和做实验一样,最终能放在文章中的,仅仅是成功了的结果,失败的实验结果在你看不见的地方。为了增加成功的概率,我们对可复现疾病的可用数据进行了筛选.

 

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