《菌物学报》（曾用名《真菌学报》、《菌物系统》）1982年创刊，现为月刊，每月22日出版，是中国科学院主管的菌物学学术期刊，报道菌物（真菌、粘菌、卵菌等）学研究领域最新研究成果，是中国自然科学核心期刊，也是国际菌物学界信赖的刊物，已被国内外多家权威检索系统收录。
1.征稿范围：
主要刊登菌物系统学、分子生物学、生理与代谢、细胞生物学、区系地理学、菌物多样性及资源开发利用、动植物病原菌物学、医学真菌学、食用和药用真菌学等方面的综述、研究论文和简报。
2. 关于版权
作者需对研究成果享有自主知识产权，未一稿多投，相关数据、图表等结果未曾以各种文字、语种在国内外公开发表，文章如在《菌物学报》发表，将不再以任何语种向国内外其他刊物重复投稿。在本刊发表的文章，所有形式的（即各种文字、各种介质的）版权均属本刊编辑部所有，作者如有异议，敬请在投稿前声明。本刊编辑部有权对录用的稿件进行文字加工，如涉及内容的大量改动，将征得作者同意，本刊文责自负，作者必须保证文章的真实性，因抄袭剽窃、弄虚作假等行为引发的一切后果，由作者自负。一旦发现有学术不端问题出现，本刊进行公开退稿或撤稿处理，并且不再接收该作者的稿件。
3. 投稿要求
本刊接受中、英文投稿，投稿内容要求具有一定的创新性，能够反映国际国内研究热点，对学科发展有指导意义。
1)远程投稿：本刊采用网上投稿。请投稿作者先登录Http://journals-myco.im.ac.cn（本刊不委托任何网站代理投稿，此为本刊唯一投稿网址。）进入《菌物学报》主页，在线注册用户名和密码，注册成功后可立即进行投稿。
2)格式要求：中英文题目应力求简练；文章论点明确，数据可靠，层次清晰，名词术语规范；使用法定的计量单位；拉丁学名、基因符号斜体表示；基金项目、图表内容中英文双语表示。中、英文摘要字数不得少于400-500字；关键词3-7个，且不得与题目重复。英文文章投稿请附中文题目、作者、中文摘要和关键词。
投稿需按照本刊近期发表文章的格式撰写。
3)图表要求：照片要清晰，线图要精绘（显微照片需要提供比例尺），避免图、表、文内容重复。图片需标明图题、图注；表格为标准三线表格。图表随文排版。
4)遵守命名法规：发表新分类单位要符合《国际藻类、真菌、植物命名法规》的各项规定，标本引证应写寄主或基物、省名、县（山）名、采集人、采集号或标本号（模式标本可加采集或分离时间、生境）。
模式标本或培养物应注明存放地点。学名定名人缩写应符合国际标准，例赵继鼎应写J.D.Zhao而不是J．Zhao。文章署名应为ZHAO Ji-Ding。拉丁学名一律使用斜体，每个学名在正文中第一次出现时须有定名人，题目和中英文摘要中不出现定名人。
5)参考文献：
文中参考文献采用“著者一出版年”制。在论文中标注的格式：例：2位作者以下表示为戴芳澜(1979)或（戴芳澜1979），(Arthur&Cummins1936)，（庄剑云和魏淑霞1994）；3位作者以上表示为（戴玉成等2010）或(Smith et al.1981)。文末参考文献按照姓氏字母升序排列，作者必须全部列出；西文刊名写出全称并斜体。
4.关于测序类文章：
凡涉及DNA、RNA或蛋白质序列测定的论文，投稿前请先通过计算机网络进入国际基因库EMBL（欧洲）、GenBank（美国）或DDBJ（日本），申请得到国际基因库接受号(Accession No.)后再进行投稿。
5、新种与新纪录发表要求：
原则上不再发表单个新种及1 -3个新记录种的文章，鼓励作者在发表关于属或属以上单元系统学、菌物区系的文章内发表新种和新记录。
1)新种模式：所有发表新种的模式标本、菌种以及注释模式标本及菌种必须保藏在国际认可的标本馆或菌种库。
2)新种注册：新种在投稿前请先申请Fungal Name Number，申请网址为http://www.fungalinfo.net，并请将获得的Fungal Name Number在新种名称下面列出。
3) DNA序列：新种、新记录种的发表，除个别难以提取DNA的菌物材料等特殊情况外，作者在投稿“新种和新记录种”时，除了形态学描述外，原则上还须提供凭证标本的1-3个基因片段序列（其中须包含ITS序列）的GenBank号。
6.ORCID号：
本刊要求第一作者和通讯作者申请ORCID号（OpenResearcher and Contributor ID，ORCID，即科研人员国际唯一学术标识符，由一套免费的、全球唯一的16位身份识别码构成），以供论文出版时标记，请作者将序号在文章首页脚注中列出。详见http://orcid.org网址。
7.审稿流程
本刊采用“编委送审制”，每篇稿件审理周期1–2个月。编辑部收到投稿后进行严格初审，对于学术水平和写作格式均达到投稿要求的文章提交送审。
8.优先发表
本刊通过审稿的录用文章在“中国知网”进行优先网络出版，综述文章以及具有创新性、竞争性的研究成果优先纸版发表。
9. 发表费和稿费
本刊免收审理费，根据版面收取一定的发表费（编辑部在文章发表前1 -2个月内通知作者缴费）。每篇文章给作者寄送2本样刊，并酌付稿酬。
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