一、研究主题不明确
确定研究主题是学位论文撰写的“第一步”，研究主题的确定需经历从发现问题到确定研究对象边界，再从确定研究对象边界到主题解释与意义反思，这是一个不断调整的过程。确定研究主题不仅需要考虑其可研究性，还需考虑其理论意义与现实价值，并综合自身研究能力调整选题的宽度与难度。“差评”论文研究主题不明确主要表现在以下四个方面:
第一，研究假设缺乏或不合理。“研究假设随意”在二级节点中编码10次，表明部分论文随意提出带有强烈主观色彩的研究假设，依据不充分，缺乏相关文献线索。有些“差评”论文甚至没有研究假设，不知所论为何，缺乏问题意识。
第二，研究对象不清晰。它在二级节点中编码27次，主要包括论文中的研究对象不清晰不突出，研究对象不符合题目的范围。例如，评阅专家在评阅某篇管理学论文中提出:“社会工作职业社会认同度到底是指谁对社会工作职业的认同度?该文并没有明确也没有区分认同的对象，但这个问题在这项研究中很重要。”
第三，论文题目不当。“论文题目”在词频统计中出现383次，排在高频词的第4位。在文献编码中“论文题目不当”共编码72次，其中“论文选题不当”编码14次，“章节标题不当”编码58次。论文选题不当主要表现在:一是选题太宽泛，指向性差，文章浮于表面缺乏理论深度;二是选题陈旧，重复研究现象严重，缺乏新的理论意义和实践意义;三是论文选题与作者所学专业不符，作者对论文选题的学科专业界限缺乏了解。
例如，某篇行政管理专业论文的专家评阅书指出:“XX市两型社会发展的问题与对策似乎属于行政管理专业之外的选题，故本选题需要做较大调整与修改。建议作者以行政管理专业领域研究的问题作为论文选题的出发点与最终归宿，以行政管理专业的学术话语体系及理论基础作为论文依据”;另外，论文题目的问题还包括“章节标题不当”，表现在章节标题不明确、模糊，没有凝练和概括文章的内容及作者的观点，甚至出现论文总题目与章、节标题相同以及章与节的标题相同的现象。
例如，某篇法学专业的论文专家评阅意见指出:“我国检察机关行政公益诉权的现状及问题标题不够明确，我国检察机关行政公益诉权有什么问题，理论问题还是制度问题?保护问题还是实施问题?下面内容也不够明确。”
第四，核心概念模糊。核心概念是论文的“导向标”，界定核心概念的过程即明确研究主题方向的过程。在词频统计中，“概念”出现94次，排在高频词的第14位。在文献编码中，“核心概念模糊”共编码67次，其中“概念界定模糊”编码41次，“偷换概念”编码26次。
“差评”论文中核心概念问题表现在:一是没有界定核心概念或者界定不清。有的作者做论文时根本无核心概念的意识，缺乏对核心概念的把握在研究中重要性的认识。例如，专家评阅对某篇体育人文社会学专业论文的意见:“作者对于核心概念界定过于含糊，这是由于作者本身对于‘正义＇的概念认知不明确。”二是概念偷换，或者随意扩大或压缩核心概念的内涵与外延。
二、逻辑结构混乱
清晰的逻辑结构是学位论文最基本的要求，而逻辑结构(包括顺序逻辑和层次逻辑)混乱是“差评”论文最主要的特点之一。“逻辑”在词频统计中出现277次，排在高频词的第7位。在文献编码中“逻辑结构混乱”共编码288次，其中“顺序逻辑杂乱”编码59次，“层次逻辑凌乱”编码229次。值得注意的是“层次逻辑凌乱”编码次数，在所有二级节点中排第2位。
第一，“差评”论文的“顺序逻辑杂乱”。表现在文章结构顺序安排没有严格按照研究设计进行，部分重要章节缺失或为了拼凑字数画蛇添足导致结构冗余。例如，专家评阅某学科教学(思政)硕士学位论文时指出:“第一章的第三节是初中思想品德个性化课堂教学的组织原则，出场太早，在论文开始就找到解决问题的基本原则了，不合逻辑。”
第二，“差评”论文的“层次逻辑凌乱”。表现在文章观点前后矛盾，前后章节彼此割裂，文章的内容和文章标题处于相互独立状态即“两张皮”现象。例如，评阅专家指出某出版专业硕士学位论文的逻辑问题:“在第三章第一节与下面的第一个问题有逻辑上的矛盾。第一节一脉相承的编辑思想与办刊理念。另起炉灶，坚持经典，一脉相承与另起炉灶是相反的两回事。”
三、论证分析方法不当
论证分析即检验研究假设或观点是否合理的过程，观点论证需要恰当的理论基础、合适的研究方法、足够材料的支撑及严谨的论述分析。“论证”在词频统计中出现了375次，排在高频词的第5位。“差评”论文论证分析存在的主要问题包括:
第一，论证方法失当。方法是研究过程中的“利刃”，它既是逻辑推理的需要，也是结果论证的需要。“研究方法”在词频统计中出现了449次，排在高频词的第2位，“研究方法失当”共编码141次。
“差评”论文方法失当的问题具体包括:一是在文章引言中随意罗列多个研究方法，但文中并未实际使用;二是不清楚具体研究方法的性质和使用范围，也不顾论文主题和内容的性质，随意选用研究方法。
例如，某篇差评论文的评阅意见是“采用文献研究法，本论文不是做文本解读，不可能实际也没有用此方法”;三是论证方法使用不当，表现在诸多方面，如测量指标不合适、模型构建不合理、问卷设计粗糙、信效度问题等，方法使用错误则会导致文章结论的可信度降低，例如，评阅意见中有“实验方法存在明显问题，这些问题让人质疑该文中采用方法的可靠性”;四是论证方法单薄，突出表现为论证方法单一、验证过程缺乏科学性、方法典型性及综合性不够等。
第二，论证材料贫乏。“论证材料贫乏”共编码35次，具体表现为论文论证材料太少、缺乏一手数据或者论证材料陈旧、庞杂适切性不强等。
第三，论述分析浅显。“论述分析浅显”编码102次，表现为论文的理论分析不深入、未结合相关材料分析、论述偏离了文章论点以及论述缺乏归纳总结等问题。例如，专家在评阅某哲学专业论文时指出:“文章找不到几处像样的哲学论证，更多看到的是资料的堆砌。”
第四，文献综述失范。“文献综述”在词频统计中出现101次，排在高频词的第14位。“综述缺乏条理性”编码50次，“文献评述不够”编码22次。文献综述失范具体表现在四个方面:一是有的论文中没有文献综述内容;二是国外研究现状综述内容过于简单，应付了事，不能反映现有研究状况;三是文献综述偏离主题，与论文主题不符，或者把对实践发展现象的综述作为对现有研究文献的综述;四是有的论文单纯追求文献资料的堆砌，综述研究内容“多而杂乱”“多而宽泛”，没有针对性;五是有的文献综述“述多评少”，甚至“只述不评”。
例如，专家评阅某人类学专业文章时指出:“该文章文献综述部分不够扎实，没有很好地总结和梳理，对文献的评述部分更是薄弱，导致文章的结构较为松散。”
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