浙大侯廷军团队报道蛋白降解靶向嵌合体数据库PROTAC-DB 2.0

蛋白降解靶向嵌合体（Proteolytic targeting chimera，PROTAC）是一种新兴的药物治疗手段，其可介导靶蛋白和E3泛素连接酶间的相互作用，并通过泛素-蛋白酶体系统实现对靶蛋白的特异性降解。

凭借着不同于传统小分子抑制剂的作用机制，PROTAC有望靶向过去被认为是无法成药的蛋白以及克服现有药物耐药，因此近年来受到工业界与学术界的广泛关注。但是，受限于PROTAC的分子特性，设计出高选择性、高活性、可口服的PROTAC分子仍困难重重。因此，迫切需要构建一个全面地PROTAC信息系统用于帮助研究者进行PROTAC的理性设计。

近日，浙江大学药学院侯廷军教授课题组在 Nucleic Acids Research 期刊发表了题为：PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs 的论文，对初代PROTAC-DB做出了重大更新。

PROTAC-DB始建于2020年，是首个PROTAC在线数据平台，囊括了化学结构、生物活性、理化性质在内的多种数据，现已成为PROTAC领域的重要数据资源。该平台在发表之初，便受到了PROTAC技术创始人Craig Crews教授的推荐，并多次被 Nature Reviews Drug Discovery、Chemical Society Reviews 等国际权威期刊正面引用和介绍，现平台访问量已突破75,000次，为ESI高被引论文。

PROTAC 2.0做出了三大更新。首先，PROTAC 2.0大幅增加了收录的PROTAC分子数目以及相应的多种数据（从初代1662个PROTAC分子增至3270个）。其次，考虑到实验上仅解析出少量的PROTAC介导三元复合物晶体结构，而其结构信息可为PROTAC的理性设计提供巨大的帮助。

因此，在2.0版本中，作者利用自主开发的PROTAC-Model建模方法为活性较好的PROTAC分子构建了相应的三元复合物计算模型，辅助研究者进行基于结构的PROTAC理性设计。最后，PROTAC 2.0进一步优化了交互界面，为用户带来了更友好的使用体验。所有数据均可通过http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/进行访问。

浙江大学药学院为本论文的第一署名单位，博士研究生翁高棋为第一作者，浙江大学药学院侯廷军教授和李丹副教授为共同通讯作者。

论文链接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac946/6775390

转自：“生物世界”微信公众号

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