【Genome Biology】33种ChIP-Seq分析方法比较！为选择合适的工具提供最优方案

以下文章来源于植物生物技术Pbj ，作者HXH

ChIP-Seq可用于鉴定组蛋白修饰或是转录因子结合位点。目前多种软件能比较ChIP-Seq鉴定的结合位点差异，但目前尚未全面评估各软件性能差异及各软件的最优适用条件。奥地利维也纳兽医大学Florian Grebien教授在Genome Biology杂志发表了名为“Comprehensive assessment of differential ChIP-seq tools guides optimal algorithm selection”的文章，该文章评估了33种差异ChIP-Seq工具和方法的各种性能，分析了多种条件下各类差异ChIP-Seq工具所适用的范围，该文章提供了差异ChIP-Seq工具最优的选择方案。

ChIP-Seq可用于鉴定转录因子结合位点，或者组蛋白修饰活性位点，组蛋白修饰位点位点可分为sharp和broad峰两种类型。比较差异的ChIP-Seq数据复杂且需要经验，因为需要根据实际的样本类型选择合适的软件。该文章全面评估了33种差异ChIP-Seq工具各种性能并给出了各类软件所适用的指导条件。首先，为准确评估各类DSC tools的准确性作者结合实验结果开发了一套能生成模拟差异ChIP-Seq数据的工具DSCsim，通过该软件作者生成已知差异位点的多套ChIP-Seq数据 (均等差异(50:50)的TF、shape和broad峰以及全局差异(100:0)的TF、sharp和broad)，利用AUPRC数值衡量33种DSC工具的准确性。分析结果表明各类分析软件性能的好坏取决于峰的形状和调控的情况及染色质大小。DiffBind、bdgdiff/MACS2、edgeR或者DESeq2在各种条件下均表现出较为优异的结果。分析发现multiGPS所需的计算时间最长，MutiGPS、GenoGAM和MMDiff2所需要的内存很大，若要运行这些软件势必需要更高性能的服务器。最后作者根据六种不同类型的数据给出表现优异的前五种鉴定差异ChIP-Seq工具。若比较TF的差异作者建议适用Diffbind、MACS2、edgeR、DESeq2和ChIPComp，若是比较sharp类型的组蛋白修饰位点差异作者建议使用MEDIPS、MACS2、DiffBind、edgeR和QChIPat，若是比较broad类型的组蛋白修饰位点差异作者建议使用DESeq2、DiffBind、Manorm2、MEDIPS和edgeR。

原文链接：

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-022-02686-y

来源：植物生物技术Pbj 交流群

转自：“iPlants”微信公众号

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